Terletak di Salatiga, kota paling nyaman dan paling toleran di Indonesia, UIN Salatiga menarik banyak mahasiswa yang datang dari luar. Selain itu, kemudahan transportasi dalam kota dan biaya hidup yang terjangkau hanya menciptakan suasana belajar yang kondusif.
Kota Salatiga teletak pada ketinggian antara: 450 – 825m dpl menjadikan kota ini sejuk dan udaranya segar, itulah kesan pertama yang bisa digambarkan untuk Salatiga. Iklimnya tropis dan secaraastronomis Kota ini terletak antara 1100.27′.56,81″ – 1100.32′.4,64″ BT dan 0070.17′. – 0070.17′.23″ LS. Kota ini Secara morfologis berada di daerah cekungan, dikelilingi Gunung Merbabu diantara gunung-gunung kecil antara lain: Gajah Mungkur, Telomoyo, dan Payung Rong. Wilayah Kota Salatiga berbatasan dengan wilayah Kabupaten Semarang, karena wilayah Salatiga dikelilingi wilayah Kabupaten Semarang dari berbagai sisinya. Di wilayah utara berbatasan dengan Kecamatan Pabelan, sebelah timur dengan Kecamatan Tengaran. Sedangkan di Selatan berbatasan dengan Kecamatan Getasan dan sebagian Tengaran . Adapun di sebelah Barat berbatasan dengan Kecamatan Tuntang. 65% Daerah Salatiga Bergelombang seperti Kelurahan Dukuh, Ledok, Kutowinangun, Salatiga, Sidorejo Lor, Bugel, Kumpulrejo, dan Kauman Kidul. Sisanya adalah daerah miring25% dan datar 10%.
Salatiga merupakan kota multicultural yang sangat Indonesia dengan jumlah penduduk 177.088 orang. 78 % atau sekitar 136.000 penduduk beragama Islam, 17 % beragama Kristen Prostestan, 5 % Katolik, sisanya beragama Hindu, Budha serta aliran Kepercayaan (termasuk Kejawen). Dikenal sebagai kota yang indah, Kota Salatiga memiliki beberapa perguruan tinggi seperti Universitas Kristen Satya Wacana (UKSW), STIE AMA, Akbid Bakti Nusantara, Akbid Ar Rum, dan tentu saja IAIN Salatiga. Dengan demikian, IAIN Salatiga menjadi kampus Negeri satu-satunya di wilayah ini.
Salatiga berada di jalur utama Semarang-Solo, dengan jarak tempuh 1,5 jam dari Bandara Ahmad Yani Semarang, 1 Jam dari Bandara Adi Sumarmo Solo dan 2 Jam dari Bandara Adi Sucipto Jogja. Bus besar dan minibus melewati Kota Salatiga sepanjang hari selama 24 jam. Bus-bus yang lewat adalah PO. Raya, Ismo, Safari, Putra Palagan, Mulyo Indah, Rajawali, Sugeng Rahayu, Sawojajar. Bus jurusan Solo – Jakarta via pantura dan sebaliknya juga melewati Kota ini.
UIN Salatiga saat ini memiliki 3 area kampus di lokasi yang berbeda, dimana jarak antar ketiga kampus tersebut kurang lebih masing-masing 2 Km. Kampus I yang merupakan kampus pertama, berada di dekat jantung kota Salatiga, tepatnya di Jl.Tentara Pelajar No.2 Salatiga. Untuk menuju Kampus I UIN Salatiga cukup mudah karena ada di pusat kota, tepatnya bersebelahan dengan alun-alun Kota Salatiga. Lokasi kampus I UIN Salatiga juga berdampingan dengan Masjid Raya Darul Amal, Kantor Polres, Samsat, Kantor Walikota, RSU Salatiga, Stadion Kridanggo dan pusat pemerintahan lainnya. Kampus II Mudah dijangkau dengan kendaran roda dua maupun mobil. Kampus III terletak di jalan lingkar selatan Salatiga. Kampus ini akan menjadi kampus terpadu UIN Salatiga.